上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女百姓在哗然，星主边昌和首相陆明仁却被这接连两个打击打懵了，几乎散失了斗志，本来他们凭申屠信和童星光两个军区的军力对付卫柱国手下的三个军区就已经感到吃力了，现在这两个军区的镇守将军突然一死，还有谁能控制那两个军区？还怎么对抗卫柱国的大军？友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
